今所述者，为吾人平常修持简单之课仪。若正式供养法，乃至以五色缕结药叉神将名字法等，将来拟别辑一卷专载其事，今不述及。
欲修持药师如来法门者，应供药师如来像。供像之处，不可在卧室；若不得已在卧室中供奉者，睡眠之时宜以净布覆盖像上。
《药师经》供于几上，不读诵时，宜以净布覆盖。
供佛像之室内须十分洁净，每日宜扫地，并常常拂试几案。
供佛之香，须择上等有香气者。
供佛之花，须择开放圆满者，若稍残萎即除去；花瓶之水宜每日更换，若无鲜花时可用纸制者代之。
此外如供净水供食物等，随各人意。但所供食物须人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹调之蔬菜等皆不可供。
以上所举之供物，应于礼佛之前预先供好。凡在佛前供物或礼佛时，必须先洗手漱口。
此外如能悬幡燃灯尤善，无者亦可。
略述修持课仪，分为七门。其中，
礼敬、赞叹、供养、回向、发愿，必须行之；诵经、持名、持咒，可随己意，或唯修二法，或仅修一法，皆可。
一、礼敬
十方三宝一拜，或分礼佛法僧三拜。本师释迦牟尼佛一拜，药师琉璃光如来三拜。此外若欲多拜，或兼礼敬其他佛菩萨者，随己意增加。
礼敬之时，须至诚恭敬，缓缓拜起，万不可匆忙，宁可少拜，不可草率。
二、赞叹
礼敬既毕，于佛前长跪合掌，唱赞偈云：
归命满月界 净妙琉璃尊
法药救人天 因中十二愿
慈悲弘誓广 愿度诸含生
我今申赞扬 志心头面礼
上赞偈出《药师如来消灾除难念诵仪轨》，唱赞之时，声宜迟缓，宜庄重。
三、供养
赞叹既毕，于佛前长跪合掌，唱供养偈云：
愿此香花云 遍满十方界
一一诸佛土 无量香庄严
具足菩萨道 成就如来香
供养毕，或随己意增诵《忏悔文》，或可略之。
四、诵经
字音不可讹误，宜详考之。
诵经时，或跪或立，或坐或经行，皆可。
五、持名
先唱赞偈云：
药师如来琉璃光 焰网庄严无等伦
无边行愿利有情 各遂所求皆不退
续云“南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来”，以后即持念“药师琉璃光如来”名号一百八遍，若欲多念者随意。
六、持咒
或据经中译音持念，或别依师学梵文原音持念，皆可。
或念全咒一百八遍；或先念全咒七遍，继念心咒一百八遍，后复念全咒七遍。心咒者，即是咒中唵字以下之文。
未经密宗阿阇黎传授，不可结手印，擅结者有大罪。
持咒时，不宜大声，惟令自己耳中得闻。
持咒时，以坐为正式，或经行亦可。
七、回向发愿
回向与发愿大同，故今并举。其稍异者，回向须先修功德，再以此功德回向，惟愿如何云云。若先未作功德者，仅可云发愿也。
回向发愿，为修持者最切要之事。若不回向，则前所修之功德无所归趣。今修持药师如来法门者，回向之愿各随己意。凡《药师经》中所载者皆可发之，应详阅经文，自适其宜可耳。以上所述之修持课仪，每日行一次或二次三次。必须至心诚恳，未可潦草塞责。印光老法师云：“有一分恭敬，得一分利益；有十分恭敬，得十分利益。”吾人修持药师如来法门者，应深味斯言，以自求多福也。
药师法门的“四种利益”
弘一大师在《药师如来法门一斑》中说：“药师法门甚为广大，今所举出的几样，殊不足以包括药师法门的全体，亦只说是法门之一斑了。”
第一种利益：维持世法。
《药师经》对于维护我们家庭、社会的稳定有帮助。
第二种利益：辅助戒律。
我们的戒律持起来都不圆满，都是有缺戒的，还有犯戒，怎么办？这个时候不是机械地像法院一样判你有罪，你要堕落下地狱，这个不能解决问题。《药师经》更多的是说犯戒之后怎么办，我指给你一条什么样的出路去弥补，如何忏悔还净。药师佛发愿，持我的名号，让你还复清净不堕恶趣，决定不堕三途恶道。这就给了我们末法时代这些犯戒破戒堕落之人一条出路。所以，弘一大师说它能辅助戒律。
第三种利益：决定生西。
念《药师经》保证你百分之百往生西方极乐世界。
第四种利益：速得成佛。
念《药师经》现世得益，成佛很快。
特别对于东方净土与西方净土的沟通之处，弘一法师强调说：“佛法的宗派非常之繁，其中以净土宗最为兴盛。现今出家人或在家人修持此宗，求生西方极乐世界者甚多。但修净土宗者，若再能兼修药师法门，亦有资助决定生西的利益。
依《药师经》说：‘若有众生能受持八关斋戒，又能听见药师佛名，于其临命终时，有八位大菩萨来接引往西方极乐世界众宝莲花之中。’依此看来，药师虽是东方的佛，而也可以资助往生西方，能使吾人获得决定往生西方的利益。
再者，吾人修净土宗的，倘能于现在环境的苦乐顺逆一切放下，无所挂碍，则固至善。但是切实能够如此的，千万人中也难得一二。因为我们是处于凡夫的地位，在这尘世之时，对于身体衣食住处等，以及水火刀兵的天灾人祸，在在都不能不有所顾虑，倘使身体多病，衣食住处等困难，又或常常遇著天灾人祸的危难，皆足为用功办道的障碍。若欲免除此等障碍，必须兼修药师法门以为之资助，即可得到药师经中所说‘消灾除难离苦得乐’等种种利益也。”